La colonne de motricité branchiale s'étend du pont à la moelle cervicale. 
Le mesencéphale en est dépourvu.
 Elle est décalée ventralement, sans contact avec le plancher des cavités épendymaires.

Cette colonne s'est développée dans  l'épaisseur du manteau, elle est donc en position ventrale par rapport à la colonne de motricité générale. Elle est fragmentée en quatre noyaux: deux pontiques, un bulbaire & un cervico-médullaire.

- Le premier noyau est enfoui dans le tiers proximal du pont; 

-le suivant est près de la jonction bulbo-pontique, au même niveau que le noyau du nerf Abducens(VI); 

- Le noyau bulbaire est une longue trainée de substance  grise, développée à mi-distance entre le plancher  ventriculaire & la voussure de l'olive;

-le dernier noyau se prolonge  jusqu'au niveau du 5° myélomère.

Les noyaux branchio-moteurs occupent  la colonne intermédiare (MB) de l'aile fondamentale.
 
Chaque noyau est identifié d'après la fonction qu'il initie, et d'après le nerf (en chiffre romain) auquel il est annexé.

* Les deux noyaux pontiques interviennent dans la dynamique de la face (mastication & expression faciale).

 - Le noyau masticateur (nm) est l'origine de la racine motrice du nerf trijumeau (V);

 - Le noyau peaucier (np) est le noyau moteur du nerf facial (VII); il innerve les muscles diposés sous le derme, tout autour des orifices de la face, leur    contraction détermine la mimique & la symétrie du visage.

* le noyau bulbaire est appelé noyau ambigu; son étendue en hauteur est le reflet de la complexité des fonctions qu'il initie, principalement la déglutition & la phonation. Aussi, est-il décomposable en plusieurs   segments; ce sont de haut en bas:
  
    - le noyau Pharyngé proximal, (pp) noyau moteur du nerf Glosso-pharyngien (IX) dont les fibres aboutissent aux muscles de la déglutition (voile & oro-pharynx),
    - le noyau Pharyngé distal (pd) est annexé au nerf vague (X), il innerve la musculature du carrefour pharynx-larynx-oesophage;      
    - le noyau Laryngé (nl) est rattaché au X, c'est la principale source de l'innervation des muscles du larynx.

* Le noyau céphalogyre est l'origine médullaire du nerf Accessoire (XI).  
  En effet, ce nerf - qualifié par les classiques de Spinal - dérive de deux noyaux:
  - un noyau bulbaire ou laryngé, principale source de l'innervation de la musculature du larynx & 
  - un noyau médullaire ou céphalogyre assurant la stimulation des muscles mobilisateurs de la tête. 

Cette double origine fait du nerf Accessoire un élément hybride, nerf cranien par son noyau bulbaire, et rachidien par son origine médullaire. L'appellation d'Accessoire lève ainsi la confusion introduite par le terme 'Spinal'.